Na ČIŽP přechází podle zákona č. 20/2004 Sb. agenda ve věci poplatků za vypouštění odpadních vod do vod povrchových a poplatků za odebrané množství podzemní vody.
Odpadní vody často vypouštějí obce jako vlastníci čistíren odpadních vod, pokud smluvně nepřevedly jejich provozování na odbornou organizaci. Potom zpravidla tento subjekt přebírá práva a povinnosti plynoucí z vypouštění odpadních vod. Odpadní vody vypouštějí též průmyslové provozy nebo objekty, které mají vlastní čistírnu. Agendu za vypouštění odpadních vod do vod povrchových ČIŽP vedla v letech 1999 až 2001. Novým zákonem č. 254/2001 Sb., o vodách přešla tato agenda na krajské úřady a nyní ji novela zákona
o vodách od začátku roku 2004 vrátila zpět…